Udsædsbårne sygdomme kan forårsage alvorlige problemer i produktionen af korn og bælgsæd. Fra 2004 skal der udelukkende anvendes økologisk produceret såsæd. Det forudses, at dette kan skabe store problemer med at skaffe tilstrækkeligt dansk produceret såsæd af efterspurgte sorter.
En gruppe forskere, forædlere, landmænd og repræsentanter for såsædsindustrien har gennemført en vidensyntese om, hvilken indsats inden for planteforædling og såsædsproduktion, der bedst kan sikre og fremme økologisk planteproduktion.
Skadetærskler for angreb af frøbårne sygdomme i korn- og bælgsæd samt udvikling af nye, mere nøjagtige diagnostiske metoder undersøges i ORGSEED-projektet, hvor også forebyggelse og bekæmpelse undersøges.
I GRAINLEG-projektet arbejdes med jordbårne bælgplantepatogener som Aphanomyces og Fusarium samt antrachnose, der er en frøbåren sygdom i lupin.
Rugens stængelbrand kan bekæmpes ved brug af biologiske bejdsemidler og forebygges ved sen såning. Skadetærskelen for angreb af stængelbrand i såsæd er også blevet vurderet i Korn- og bælgsædsprojektet. Såtidspunktet har også betydning for udvikling af hvedens stinkbrand, som dog kan bekæmpes med biologiske bejdsemidler og forebygges ved brug af resistente sorter. Jordsmitte har også betydning for sygdommene. Resultaterne fra projektet er beskrevet i en FØJO-rapport sammen med resultaterne fra øvrige projekter om økologisk plantedyrkning i FØJO I.