Økologisk jordbrug i Danmark bygger ofte på kvæghold, mens mangel på gødningsstoffer bremser økologisk plantedyrkning uden husdyr. Sammenlignet med kvægbrug har planteavlsbrug færre bælgplanter, stort gødningsbehov og stor eksport af næringsstoffer med de produkter, der sælges. Grønsagsafgrøder er dyrere at dyrke og håndtere end landbrugsafgrøder, og risikoen for næringsstofmangel gør det økonomisk meget usikkert. Derfor er produktionen i dag koncentreret om nogle få grønsagsarter. I VEGCATCH-projektet undersøges rodvækst og kvælstofrelationer hos grønsager, forårsgrøngødning, insektædende nematoder i forskellige afgrøder, sortsvalg af grønsager, dyrkningssikkerhed, resistens og kvalitet, efterafgrøder og fosfor samt efterafgrøder og kålbrok.
På Årslev gennemføres et grønsagssædskifte uden tilførsel af husdyrgødning. Hidtil har et års kløvergræs som grøngødning indgået i sædskiftet, men erfaringerne med brug af efterafgrøder er så gode, at kløvergræsmarken nu udgår af sædskiftet. Udbytter, ukrudt, sygdomme og skadedyr samt indhold af næringsstoffer følges i afgrøderne, sammen med jordens tilgændelighed af kvælstof. Kristian Thorup-Kristensen har skrevet om udbytter og erfaringer.
Ved dyrkning af væksthusgrønsager som tomat og agurk er der behov for store mængder gødning, og i økologisk produktion kan det give problemer. Muligheden for at kombinere fordelene ved dyrkning direkte i jord og dyrkning i afgrænsede bede undersøges i ORCTOM-projektet. Jørn Nygård Sørensen har skrevet en artikel om dyrkningssystemet.
Ved grønsagsproduktion er der behov for et stort udvalg af sorter, som opfylder avlernes krav om produktkvalitet, sundhed, tidlighed m.m. Ved økologisk produktion kniber det fortsat med udvalget af økologisk udsæd inden for de efterspurgte sorter. Ved DJF-Flakkebjerg gennemføres nu på fjerde år produktion af økologiske grønsagsfrø i tunneller. De afprøvede arter er gulerod, porre og blomkål, og resultaterne har overvejende været positive. Det har Birte Boelt skrevet en artikel om.